为加强对淠河的综合管理，六安市于2009年成立了“六安市城区新老淠河综合管理局”，负责城区新老淠河的具体事务管理和服务。同时，依据淠河国家湿地公园总体规划要求，参照国内其它湿地公园的机构设置，根据六安市人民政府相关文件，成立了六安市淠河国家湿地公园管理局。另外，根据城市管理及淠河湿地的管理需要成立了六安市新老淠河综合管理执法大队，在湿地公园内下辖老淠河管理执法中队、凤凰河执法中队、城北橡胶坝执法中队。六安市淠河国家湿地公园管理机构具体设置为：

一、协调机构

管理协调机构：安徽六安淠河国家湿地公园管理委员会。

2011年六安市成立安徽六安淠河国家湿地公园管理委员会（六政办秘﹝2011﹞81号），负责组织、协调、指导和监督湿地公园保护、建设与管理工作，主任由市政府副市长钟园担任，副主任由市分管住建、城管、林业工作的负责同志负责同志担任，成员由市发改委、住建委、农委、林业局、财政局、国土资源局、规划局、公安局、环保局、交通运输局、文广新局、水利局、城投公司、两河局等部门和单位负责同志组成。工作职责：经市政府授权，负责湿地公园的湿地生态环境管理与保护，湿地公园规划建设与经营，湿地公园种类项目的申报、招商引资等。2016年，因为人事变动和工作需要，为进一步加强对淠河国家湿地公园建设和管理的领导，经市政府同意，对安徽六安淠河国家湿地公园管理委员会进行调整，主任为市委常委、市政府常务副市长付新安，市政府副秘书长程东风、市城管局局长郭强市、林业局局长林显鸿为副主任，委员会成员单位不变，相关负责成员均根据实际工作需要进行了调整。湿地公园管理委员会的建立为淠河湿地公园的建设发展提供了坚实的管理保障。

二、管理机构：

常设管理机构：六安市城区新老淠河综合管理局、六安市淠河国家湿地公园管理局

为加强六安城区新老淠河的综合管理，营造良好和谐的生态环境，实现淠河成为六安的景观轴、生态轴、发展轴，塑造六安城区水清、河畅、岸绿、景美的生态体系，推进实现“水在城中、城在林中”的园林城市目标，促进六安城市可持续发展，根据市编委六编﹝2009﹞20号文成立的“六安市城区新老淠河综合管理局”，为隶属市城市管理行政执法局（市容局）管理的副处级全额拨款事业单位，于2009年5月26日正式挂牌。

为加强淠河国家湿地公园的建设与管理，根据湿地公园总体规划要求，经2016年6月3日市编委会议研究及《六安市人民政府办公室关于成立安徽六安淠河国家湿地公园管委会的通知》（六政办秘﹝2011﹞81号）文件精神，同意设立六安市淠河国家湿地公园管理局，在六安市城区新老淠河综合管理局加挂牌子，负责湿地生态环境管理与保护、规划建设等。管理局内设办公室（财务科）、管理科、保护站，与六安市城区新老淠河综合管理局合署办公，市林业局是业务主管部门。

三、执法机构：

常设执法机构：六安市新老淠河综合管理执法大队

六安市城区新老淠河综合管理局挂“六安市新老淠河综合管理执法大队”牌子，其主要任务为：对管理范围内涉及水政、渔政、非法造船、停船、渔业捕捞、乱倒垃圾、游泳洗涤、乱搭乱建、污染水源等违反河道管理法律、法规和规章的行为及时发现，并向市城管局（市容局）报告，由市城管局（市容局）依法处理或协调有关部门依法处理，具体事务由执法大队办理。执法大队在淠河公园内设置了老淠河管理执法中队、凤凰河执法中队、中坝执法中队、城北执法中队、城北橡胶坝执法中队5个中队，全天候对湿地公园展开巡查执法，保障了公园的正常秩序和运行。

四、内设机构

淠河国家湿地公园包括：管理科、保护站、财务科。

管理科职责

（1）负责湿地生态保护和修复、基础设施建设（科普宣教馆建设、园区内栈道、观鸟亭、园内标识、标牌及界桩安设）；

（2）负责申报争取、筹措湿地保护、修复、建设和管理资金；

（3）负责园区内的相关资产进行经营、管理、合理开发和综合利用，以及生态旅游开发、招商和其它项目开发管理；

（4）对湿地公园规划控制区内的建设、规划、开发和经营活动按照相关规定进行管理。

（5）负责社区的组织协调，进行社区共建。

保护站职责

（1）承担湿地公园内资源普查、评价工作；

（2）承担湿地保护、管理和研究工作中获得的数据、资料和各项成果的保管工作，并按照规定向上级有关部门报送调查研究成果和监测报告。

（3）与大专院校专家合作，开展湿地公园动植物活动的观测、观察及记录整理工作。

（4）负责湿地公园日常水文、气候、水质、湿地监测等科研工作。

财务科职责

负责湿地公园财务管理、物资采购、资金结算等项工作。